Considerando que la investigación científica es un proceso complejo que implica la combinación de diversos aspectos teóricos, metodológicos y técnicos para su realización, es de fundamental importancia el que se lleve a cabo una cuidadosa planeación, en la que se definan aspectos tales como la especificación de los objetivos, el marco de referencia, el diseño de las actividades, la descripción de los recursos necesarios, etc.
Se concibe al protocolo de investigación como una guía flexible cuyo razgo fundamental consiste en que intenta describir lo más adecuada y precisamente posible el proceso de investigación que se tiene pensado ejecutar.
La ejecución de un protocolo de investigación es algo dinámico, en el sentido de que comúnmente en este documento se especifican los requerimientos mínimos y más generales para llevar a cabo un proyecto de investigación, los cuales, en el transcurso de la misma, se van modificando de acuerdo a las circunstancias y situaciones no previstas.
Sin embargo, el protocolo de investigación para cualquier proyecto pretende considerar por anticipado y lo más sistemáticamente posible las condiciones en que el investigador va a realizar su trabajo, sus supuestos teóricos y las herramientas metodológicas y técnicas, con el fin de que este documento se constituya en la "columna vertebral" de la investigación en el posgrado, en la línea base a partir de la cual se evalúan los resultados de la investigación.
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